重庆医药工业研究院成立于1950年，是西南地区主要从事化学药物研究开发的专业研究开发的高科技型企业。2001年，作为重庆市首批改制科研院所之一，由上海复星医药产业发展有限公司与重庆化医控股（集团）公司合资组建成立重庆医药工业研究院有限责任公司(以下简称“重庆医工院”)。2019年9月，重庆药友制药有限责任公司全资控股重庆医工院。

重庆医工院被认定为国家级高新技术企业、国家级企业技术中心（复星医药所属）、国家知识产权优势企业、重庆市创新型企业、重庆市化学制药工程技术研究中心、重庆市新型药物递释系统工程技术研究中心、重庆市博士后科研工作站。